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AmbrosinoAssegnista di Ricerca
Dipartimento RIMAR

e-mail: luca.ambrosino(at)szn.it
Tel. +39 081 5833452

Curriculum Vitae

 

Interessi di ricerca

I miei interessi di ricerca sono focalizzati sull’allestimento di metodologie bioinformatiche e risorse accessibili via web per la genomica strutturale e funzionale, per la genomica comparativa ed evoluzione molecolare di specie marine.
Durante il Dottorato di Ricerca in “Biologia Computazionale e Bioinformatica” conseguito all’Università degli Studi di Napoli “Federico II”, ho sviluppato una procedura automatizzata per la predizione di geni ortologhi, paraloghi e specie-specifici attraverso il confronto multi-specie di sequenze nucleotidiche e proteiche, e la successiva costruzione di reti di geni ortologhi e paraloghi. La pipeline allestita prevede inoltre la caratterizzazione delle reti create attraverso la predizione dei domini funzionali, delle classi enzimatiche coinvolte e dei relativi pathway metabolici di appartenenza. Ho inoltre acquisito esperienza nell’applicazione di tecniche di modeling tridimensionale di strutture proteiche e successive procedure di simulazione di dinamiche molecolari.
Qui alla Stazione Zoologica “Anton Dohrn” sto lavorando principalmente allo sviluppo della sezione “Genomica” del sito web del servizio “BIOINforMAtics” (http://bioinfo.szn.it/), fornendo ai ricercatori strumenti di genomica comparativa per l’analisi ed il confronto di specie differenti, e sullo sviluppo di strumenti e servizi bioinformatici per la ricerca in SZN.

Principali Pubblicazioni

Ambrosino, L., Colantuono, C., Monticolo, F., and Chiusano, M. L. (2017). “Bioinformatics resources for plant genomics: bottlenecks and opportunities in the -omics era.” in “Next-generation Sequencing and Bioinformatics for Plant Science” Current Issues in Molecular Biology 71-88 DOI: 10.21775/9781910190654.05

Ambrosino, L., Chiusano, M.L. (2017). “Transcriptologs: a transcriptome-based approach to predict orthology relationships.” Bioinformatics and Biology Insights 11 DOI: 10.1177/1177932217690136

Ambrosino, L., Bostan, H., Ruggieri, V., and Chiusano, M. L. (2016). “Bioinformatics resources for pollen.” Plant reproduction 29 (1-2), 133-147 DOI: 10.1007/s00497-016-0284-8

De Santi, C., B. Altermark, M. M. Pierechod, L. Ambrosino, D. de Pascale and N. P. Willassen (2016). "Characterization of a cold-active and salt tolerant esterase identified by functional screening of Arctic metagenomic libraries." BMC Biochem 17(1): 1 DOI: 10.1186/s12858-016-0057-x

Ambrosino, L., H. Bostan, P. di Salle, M. Sangiovanni, A. Vigilante and M. L. Chiusano (2016). "pATsi: Paralogs and Singleton Genes from Arabidopsis thaliana." Evol Bioinform Online 12: 1-7 DOI: 10.4137/EBO.S32536

De Santi, C., L. Ambrosino, P. Tedesco, L. Zhai, C. Zhou, Y. Xue, Y. Ma and D. de Pascale (2015). "Identification and characterization of a novel salt-tolerant esterase from a Tibetan glacier metagenomic library." Biotechnol Prog 31(4): 890-899 DOI: 10.1002/btpr.2096

Maiorano, F., L. Ambrosino and M. R. Guarracino (2015). The MetaboX Library: Building Metabolic Networks from KEGG Database. Bioinformatics and Biomedical Engineering: Third International Conference, IWBBIO 2015, Granada, Spain, April 15-17, 2015, Proceedings, Part I. F. Ortuño and I. Rojas. Cham, Springer International Publishing: 565-576 DOI: 10.1007/978-3-319-16483-0_55

De Santi, C., P. Tedesco, L. Ambrosino, B. Altermark, N. P. Willassen and D. de Pascale (2014). "A New Alkaliphilic Cold-Active Esterase from the Psychrophilic Marine Bacterium Rhodococcus sp.: Functional and Structural Studies and Biotechnological Potential." Appl Biochem Biotechnol. DOI: 10.1007/s12010-013-0713-1

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