Assegno di Ricerca
Dipartimento Infrastrutture di ricerca per le risorse biologiche marine
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Interessi di ricerca
Sono un assegnista di ricerca con interesse per la biologia evoluzionistica, in particolare sistematica molecolare, filogenesi, genomica di popolazione e metabarcoding. Applico strumenti molecolari e bioinformatici per caratterizzare geni, specie e comunità e per valutare le loro relazioni evolutive. Le mie principali linee di ricerca sono:
1) Diversità, distribuzione, sistematica ed evoluzione degli organismi. Studio la diversità genetica e le relazioni filogenetiche degli organismi marini e terrestri utilizzando approcci classici (ad esempio sequenziamento Sanger, microsatelliti) e nuovi approcci (approcci -omici, metabarcoding, SNP). L'obiettivo di questa linea di ricerca è definire i confini tra le specie, accelerare la scoperta di nuovi taxa, valutare le loro relazioni filogenetiche e delimitare ESU a fini di gestione e conservazione. Utilizzo anche set di dati di metabarcoding globali in combinazione con librerie di riferimento per valutare la diversità e la distribuzione dei taxa marini.
2) Analisi delle comunità microbiche. Utilizzo approcci di DNA metabarcoding per studiare la diversità tassonomica e l'abbondanza di microrganismi (procarioti ed eucarioti) provenienti da diverse matrici ambientali per valutare il loro ruolo nell'ecosistema.
3) Analisi di trascrittomi per applicazioni biotecnologiche. Analizzo dati trascrittomici di organismi marini (microalghe) in combinazione con approcci bioinformatici ed evolutivi per trovare geni e vie biosintetiche di potenziale interesse per le biotecnologie.
Principali Pubblicazioni
De Luca, D., Del Guacchio, E., Cennamo, P., Paino, L., Caputo, P. (2023). Genotyping by-sequencing provides new genetic and taxonomic insights in the critical group of Centaurea tenorei. Frontiers in Plant Science, 14, 1130889.
De Luca, D.*, Piredda, R., Trojsi, G., Cennamo, P. (2023). Close but different: metabarcoding analyses reveal different microbial communities in ancient Roman nymphaea. International Biodeterioration & Biodegradation, 181, 105619.
De Luca, D., Piredda, R, Sarno, D., Kooistra, W.H.C.F. (2021). Resolving cryptic species complexes in marine protists: phylogenetic haplotype networks meet global DNA metabarcoding datasets. The ISME Journal, 15, 1931–1942. https://doi.org/10.1038/s41396-021-00895-0.
De Luca, D.*, Kooistra, W.H.C.F., Sarno, D. Biffali, E., Piredda, R. (2021). Empirical evidence for concerted evolution in the 18S rDNA region of the planktonic diatom genus Chaetoceros. Scientific Reports, 11, 807.
De Luca, D.*, Lauritano, C. (2020). In Silico Identification of Type III PKS Chalcone and Stilbene Synthase Homologs in Marine Photosynthetic Organisms. Biology, 9(5), 110.
De Luca, D.*, Sarno, D., Piredda, R., Kooistra, W. H. C. F. (2019). A multigene phylogeny to infer the evolutionary history of Chaetocerotaceae (Bacillariophyta). Molecular Phylogenetics and Evolution, 140, 106575.
De Luca, D.*, Kooistra, W. H. C. F., Sarno, D., Gaonkar, C. C., Piredda, R. (2019). Global distribution and diversity of Chaetoceros (Bacillariophyta, Mediophyceae): integration of classical and novel strategies. PeerJ, 7, e7410.
