L’unità IRM si occupa della raccolta di materiale per la ricerca e per attività divulgative. Il materiale viene raccolto in differenti ambienti costieri, incluso ambiti portuali e lagune, con strumentazioni adeguate o immersioni subacquee.

L’attività descritta viene svolta sulla base di un’ampia esperienza sulle specie vegetali o animali richieste, sulla loro distribuzione a scala locale e sul loro ciclo stagionale e riproduttivo, aggiornata attraverso raccolta di informazioni e survey esplorativi. I siti di campionamento e le metodiche vengono prescelti in modo da garantire elevati standard di qualità del materiale raccolto.

Si effettuano attività subacquee connesse con l’installazione e la manutenzione di strutture e strumentazioni sommerse.

L’unità IRM fornisce anche supporto ad attività finalizzate al recupero, trasporto e liberazione di animali marini.

• Raccolta di organismi planctonici attraverso retinate o prelievi da bottiglie Niskin;
• Raccolta di organismi bentonici con dragaggi, carotaggi, bennate o immersioni subacquee;
• Raccolta di organismi nectonici;
• Raccolta di sedimento;
• Raccolta di acqua di mare
• Campionamento e monitoraggio subacqueo, visual census
• Acquisizione di immagini e filmati in immersione
• Installazione e manutenzione di strumentazione e survey ispettivi

Per poter accedere al servizio, gli utenti interni dovranno compilare e inviare via mail il form ai seguenti indirizzi: fabio.conversano(at)szn.it e francesco.terlizzi(at)szn.it

La richiesta andrà effettuata entro il giovedì precedente la settimana in cui si desidera ricevere il materiale. Si invita a prendere visione del regolamento.

Gli utenti esterni alla SZN dovranno contattare il Dott. Fabio Conversano.

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it

In Progress

La tecnologia di sequenziamento di nuova generazione (NGS) sta rivoluzionando il campo delle applicazioni in Biologia Molecolare. Recentemente il servizio si è dotato della tecnologia LIFE TECHNOLOGIES “ION Proton”, in grado di produrre principalmente dati per studi di transcrittomica, di metagenomica, per l’analisi dell’espressione genica e per il risequenziamento mirato.

Attualmente, non viene fornita alcuna analisi bioinformatica

Life Technologies ION Proton semiconductor sequencer

Life Technologies ION Chef

Agilent Bioanalyzer 2100

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Il servizio è dotato di un sistema robotico capace di realizzare progetti ad alta produttività per quelle attività di ricerca che necessitano, in tempi brevi, l’analisi di un alto numero di campioni

Scheda tecnica

Il servizio è capace di soddisfare differenti richieste:

- Allestimentodi reazioni di qPCR e PCR.

- Purificazione di reazioni di PCR.

- Quantizzazione e normalizzazione di campioni.

- Replica, prelievo e riorganizzazione di piastre multipozzetto.

- Minipreparazione di DNA plasmidico.

- Allestimento e purificazione delle reazioni di sequenza.

- Allestimento delle piastre per microsatelliti, AFLP, e SNiPs.

- Gestione delle librerie e prelievo dei singoli campioni.

- Estrazione di DNA genomico da campioni convenzionali (sangue, code di topo, etc).

- Estrazione di DNA genomico da campioni non convenzionali (Ciona intestinalis, Poseidonia Oceanica, Caretta caretta, Cimodocea nodosa, Caulerpa racemosa, Octopus Vulgaris, etc.).

- Immunostochimica e ibridazione in situ su embrioni in whole mount (in progress)

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel.: 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

- Microsatelliti per analisi di frammenti (single-locus).

- SNiPs, analisi del polimorfismo in un'unica base (single-locus).

- AFLP, polimorfismo della lunghezza dei frammenti (multi-locus).

Scheda Tecnica del Servizio

Vengono analizzati, ogni anno, circa 6.000 campioni per studi genetici di popolazione, principalmente su piante marine (fanerogame).

La genotipizzazione è il processo che permette di identificare il genotipo di un organismo mediante test biologici (genotype testing). Ci sono numerose tecniche che possono essere utilizzate per la genotipizzazione principalmente con un approccio multi-locus o single-locus. Il servizio offre tre differenti approcci analitici:

- Microsatelliti (single-locus):

L’analisi dei frammenti si ottiene mediante elettroforesi capillare ed è utilizzata per studi di genetica di popolazione, principalmente su piante acquatiche (fanerogame) e alghe.

- SNiPs, analisi del polimorfismo in un'unica base (single-locus). L’analisi degli Snips sui campioni è realizzata mediante la tecnologia Snapshot (Life Technologies) che consente, utilizzando l’elettroforesi capillare, con l'uso di un solo oligonucleotide specifico.

- AFLP, polimorfismo della lunghezza dei frammenti (multi-locus). La rilevazione è anch’essa realizzata mediante elettroforesi capillare.

Analizzatore automatico di DNA per Elettroforesi Capillare- Life Technologies

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Sequenziamento Sanger di campioni di DNA

Il sequenziamento automatizzato del DNA mediante l’elettroforesi capillare rimane uno dei principali ed indispensabili strumenti per lo studio degli acidi nucleici. Le sequenze prodotte sono lunghe in media ~ 650 basi con oltre il 97,5% di precisione, a partire da plasmidi, frammenti di PCR, fagi, etc. La potenzialità del sistema in dotazione al servizio è superiore a 1000 sequenze giornaliere e può sostenere progetti ad alta produttività. Il servizio al momento produce oltre 15.000 sequenze all'anno.

1) Sequenze di inserti di DNA clonati in plasmidi (< 15 kb) per ottenere solo le prime informazioni su cloni e subcloni, cioè identità ed orientamento dell’inserto.

2) Sequenze dirette di prodotti di PCR.

3) Sequenziamento fine (double strand) a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

4) Shotgun a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

5) Gene walking a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

6) Transposon-based a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

7) Bac ends, lambda-phage, etc.

Analizzatore automatico di DNA per Elettroforesi Capillare

Applied Biosystems 3730 DNA Analyzer 48 capillaries - Life Technologies

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

In allestimento

Il servizio di digital PCR è dotato di uno strumento ad alta sensibilità Bio-Rad “QX200 Droplet Digital PCR” che consente di:

- Rilevare piccole quantità di molecole DNA bersaglio con una sensibilità senza pari.

- Determinare la variazione del numero di copie genomiche (copy number variation) con estrema accuratezza.

- Misurare livelli di espressione genica con straordinaria precisione.

- Quantificare librerie NGS.

Biorad system "QX200 Droplet Digital PCR"

Agilent Bioanalyzer 2100

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Lettura di cDNA, RNA totale, mRNA, RNA inferiori a 200 nucleotidi (microRNA, siRNA, scRNA, snoRNA, piRNA, 5S RNA, 5.8S rRNA).

Caratterizzazione qualitativa e quantitativa mediante l'utilizzo di:

- NANO chip (disponibile presso il servizio)

- PICO chip (fornito dall'utenza)

- “small RNA chip” (fornito dall'utenza)

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Servizi di base per la Biologia Molecolare

Controllo qualitativo di acidi nucleici

Real Time qPCR

Digital PCR

Sequenziamento DNA (Sanger)

Genotyping

Automazione

NGS

- Sterilizzazione della vetreria, delle beute, dei mezzi e dei terreni per la batteriologia, di soluzioni e di tamponi.

- Preparazione di mezzi e di terreni per batteriologia.

- Preparazione e test di cellule batteriche competenti per la trasformazione mediante elettroporazione

- Mantenimento, preparazione delle aliquote e distribuzione dello stock di enzimi, di antibiotici e di vari reagenti (ISH, etc.) e Kit per la Biologia Molecolare con una movimentazione maggiore di 200 prodotti diversi.

- Centralizzazione della richiesta di sintesi di oligonucleotidi.

- Janus (Bio Air) cappa a flusso laminare 70 cm;

- Elix 10 (Millipore) sistema produzione acqua pura;

- Synergy-UV (Millipore) sistema produzione acqua ultrapura;

- FV-A (Fedegari) Autoclave per sterilizzazione);

- Mod. 800 (Memmert) stufa termostatata ventilata per batteriologia;

- Mod. 600 (Memmert) stufa termostatata ventilata 50°C;

- Mod. 000 (Memmert) stufa termostatata 200°C;

- HT Multitron (Infors) Shaker refrigerato per batteriologia;

- -86°C Ultra-freezer (Forma)

Dr. Elio Biffali

Unità Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298