Sequenziamento Sanger di campioni di DNA

Il sequenziamento automatizzato del DNA mediante l’elettroforesi capillare rimane uno dei principali ed indispensabili strumenti per lo studio degli acidi nucleici. Le sequenze prodotte sono lunghe in media ~ 650 basi con oltre il 97,5% di precisione, a partire da plasmidi, frammenti di PCR, fagi, etc. La potenzialità del sistema in dotazione al servizio è superiore a 1000 sequenze giornaliere e può sostenere progetti ad alta produttività. Il servizio al momento produce oltre 15.000 sequenze all'anno.

1) Sequenze di inserti di DNA clonati in plasmidi (< 15 kb) per ottenere solo le prime informazioni su cloni e subcloni, cioè identità ed orientamento dell’inserto.

2) Sequenze dirette di prodotti di PCR.

3) Sequenziamento fine (double strand) a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

4) Shotgun a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

5) Gene walking a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

6) Transposon-based a richiesta e da programmare secondo disponibilità.

7) Bac ends, lambda-phage, etc.

Analizzatore automatico di DNA per Elettroforesi Capillare

Applied Biosystems 3730 DNA Analyzer 48 capillaries - Life Technologies

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

In allestimento

Il servizio di digital PCR è dotato di uno strumento ad alta sensibilità Bio-Rad “QX200 Droplet Digital PCR” che consente di:

- Rilevare piccole quantità di molecole DNA bersaglio con una sensibilità senza pari.

- Determinare la variazione del numero di copie genomiche (copy number variation) con estrema accuratezza.

- Misurare livelli di espressione genica con straordinaria precisione.

- Quantificare librerie NGS.

Biorad system "QX200 Droplet Digital PCR"

Agilent Bioanalyzer 2100

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

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Lettura di cDNA, RNA totale, mRNA, RNA inferiori a 200 nucleotidi (microRNA, siRNA, scRNA, snoRNA, piRNA, 5S RNA, 5.8S rRNA).

Caratterizzazione qualitativa e quantitativa mediante l'utilizzo di:

- NANO chip (disponibile presso il servizio)

- PICO chip (fornito dall'utenza)

- “small RNA chip” (fornito dall'utenza)

Dr. Elio Biffali

Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

e-mail: elio.biffali(at)szn.it

Servizi di base per la Biologia Molecolare

Controllo qualitativo di acidi nucleici

Real Time qPCR

Digital PCR

Sequenziamento DNA (Sanger)

Genotyping

Automazione

NGS

- Sterilizzazione della vetreria, delle beute, dei mezzi e dei terreni per la batteriologia, di soluzioni e di tamponi.

- Preparazione di mezzi e di terreni per batteriologia.

- Preparazione e test di cellule batteriche competenti per la trasformazione mediante elettroporazione

- Mantenimento, preparazione delle aliquote e distribuzione dello stock di enzimi, di antibiotici e di vari reagenti (ISH, etc.) e Kit per la Biologia Molecolare con una movimentazione maggiore di 200 prodotti diversi.

- Centralizzazione della richiesta di sintesi di oligonucleotidi.

- Janus (Bio Air) cappa a flusso laminare 70 cm;

- Elix 10 (Millipore) sistema produzione acqua pura;

- Synergy-UV (Millipore) sistema produzione acqua ultrapura;

- FV-A (Fedegari) Autoclave per sterilizzazione);

- Mod. 800 (Memmert) stufa termostatata ventilata per batteriologia;

- Mod. 600 (Memmert) stufa termostatata ventilata 50°C;

- Mod. 000 (Memmert) stufa termostatata 200°C;

- HT Multitron (Infors) Shaker refrigerato per batteriologia;

- -86°C Ultra-freezer (Forma)

Dr. Elio Biffali

Unità Biologia Molecolare e Bioinformatica

Tel. +39 081 5833298

L’unità Infrastrutture di Ricerca a Mare (IRM) gestisce le due imbarcazioni costiere (M/B Vettoria e M/B Hippocampus) utilizzate per il monitoraggio ambientale, la ricerca e per la didattica.

Il servizio include la la manutenzione e calibrazione della strumentazione di bordo e il supporto per il loro utilizzo in attività di raccolta dati e ricerca.

Inoltre, il MEDA collabora con le Università di Napoli, fornendo supporto alla didattica attraverso esercitazioni a bordo della M/N Vettoria.

Disponibilità delle due imbarcazioni complete di equipaggio e strumentazioni.

Assistenza nel campionamento, nella raccolta di materiale biologico e nell’acquisizione dei dati strumentali.

Didattica a bordo della M/B Vettoria:

• dimostrazioni delle strumentazioni oceanografiche e del loro funzionamento;
• esercitazioni sulle principali tecniche di rilevamento dati e campionamento.

M/B Vettoria

• GPS.
• Radar.
• Ecoscandaglio.
• Radio.
• Sonda Multiparametrica SBE 911Plus.
• Portale idraulico per messa a mare di strumentazione oceanografica e per campionamento delle comunità planctoniche e bentoniche.
• Verricello idraulico a doppio tamburo.
• Cavo monoconduttore (1500 m) per campionatori automatici e sonde multiparametriche.
• Campionatori automatico Carousell SBE da 12 bottiglie da 5 litri.
• Cavo di acciaio (600 metri) da 5 mm.
• Laboratorio umido per filtrazioni e primo trattamento dei campioni per le analisi chimiche e biologiche.

M/B Hippocampus

• Verricello elettrico con cavo in acciaio da 5mm;
• Inverter da 1500W, 220V;
• Generatore da 2000W, 220V;
• Ecoscandaglio;
• GPS portatile;
• Sonda multiparametrica SBE 19Plus V2.

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it

L’unità Monitoraggio e Analisi Ambientali (MAA) effettua analisi chimiche e strumentali delle principali variabili ambientali e biologiche.

Analisi di:

üNutrienti inorganici;

üAzoto e fosforo totali e disciolti;

üOssigeno disciolto;

üCarbonio organico particellato (POC);

üSolidi sospesi totali (TSS);

üClorofilla a (spettrofluorimetria e spettrofotometria);

üPigmenti fotosintetici (HPLC);

üSpettri di assorbimento;

üFluorescenza modulata.

Per poter accedere al servizio, gli utenti dovranno compilare e inviare via mail il form a: francesca.margiotta(at)szn.it

La tempistica con cui si eseguiranno le analisi sarà concordata con la Dott.ssa Francesca Margiotta

Analizzatore a flusso continuo Flow Sys Systea

Analizzatore CHN Thermo Flash EA 1112 Series

Spettrofluorimetro SHIMADZU RF-5301PC

Spettrofotometro UV-Visibile Agilent 8453 HPLC Agilent 1110 Series

Phyto-Pam Walz

Fabio Conversano

Tel. + 39 081 5833357

e-mail: fabio.conversano(at)szn.it