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Sei qui: HomeRicercaEcologia Marina IntegrataLaboratori del Dipartimento EMILaboratorio di Ecologia Molecolare e Genomica Funzionale

Responsabile: Gabriele Procaccini

Attività

Nel laboratorio di Ecologia Molecolare e Genomica Funzionale si portano avanti studi finalizzati a rispondere a domande ecologiche, con l’utilizzo di approcci di tipo molecolare. Il laboratorio copre attività di ricerca che vanno dalla filogenesi e tassonomia molecolare alla filogeografia e genetica di popolazione, tramite analisi di sequenza ed analisi di marcatori polimorfici, come microsatelliti e SNPs. Ci si occupa anche dello studio della funzione genica mediante approcci di genomica funzionale e genetica inversa (prevalentemente produzione di linee transgeniche di diatomea). Ci si avvale inoltre di analisi di trascrittomica e genomica ambientale e comparativa, e si realizzano studi di espressione genica in condizioni naturali e controllate (RNA-Seq, RT-qPCR ).

Sistema per la sperimentazione

  • Mesocosmi per mantenimento di organismi bentonici in condizioni controllate.
  • Camera walk-in per colture microalgali.

Analisi

  • Estrazione DNA, purificazione e quantificazione.
  • Estrazione RNA, purificazione, quantificazione e retrotrascrizione.
  • Estrazione di proteine e quantificazione.
  • Preparazione campioni per analisi di RT-qPCR in piastra.
  • Preparazione campioni per sequenziamento massivo.
  • Preparazione campioni per analisi di sequenza.
  • Preparazione campioni per analisi di frammenti.
  • PCR singole ed in multiplex.
  • Elettroforesi su gel di agarosio e di acrilammide.
  • Analisi statistiche di genetica di popolazione e filogenesi molecolare.
  • Disegno primers, analisi profili elettroferogrammi.
  • Clonaggi e trasformazione batterica.
  • Preparazione di DNA plasmidico (mini e maxi prep).
  • Trasformazione biolistica e produzione di colture transgeniche.
  • Colture algali.
  • Colorazioni con coloranti vitali fluorescenti ed analisi microscopica.
  • Southern blot, Northern blot.
  • Western blot e saggi enzimatici (colorimetrici, ELISA).
  • Utilizzo di software specialistici per l’analisi banche dati nucleotidiche e proteiche e per l’esplorazione di genomi.

Strumentazione

  • Strumentazione di base per la biologia molecolare (PCR, centrifughe, apparati elettroforetici, transilluminatore, bagni termostatici, spettrofotometro, fluorimetro, pH-metro, bilancia di precisione).
  • Gene gun (apparecchio per la trasformazione biolistica).
  • Cappe per colture algali.
  • Microscopi.
  • Mixer Mill (Tissue lyser).
  • PC e software per analisi molecolari.
  • Cappa chimica.
  • TurboGen (strumento per la generazione di turbolenza marina).

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