EMI
EMI
Sei qui: HomeStaffStaffPiredda RobertaPiredda Roberta

piredda robertaAssegnista di Ricerca
Sezione EMI

Tel. +39 081 5833356
Fax: +39 081 7641355
e-mail roberta.piredda(at)szn.it


Scarica il Curriculum Vitae

Interessi di ricerca

Il DNA barcoding collega ciascuna specie ad un sequenza di DNA unica, mentre il DNA ambientale (eDNA) o metabarcoding, usa questo collegamento per identificare taxa provenienti da comunità naturali. La mole di dati molecolari provenienti da eDNA e generati attraverso nuovi metodi di sequenziamento (NGS) sta aumentando, cambiando il nostro modo di monitorare le comunità naturali a scala spaziale e temporale e offrendo la possibilità di integrarli nella gestione e conservazione delle risorse. Tuttavia, protocolli standardizzati per identificare, delimitare e quantificare le specie da dati NGS sono ancora in via di sviluppo. I dati NGS raccolti presso la stazione long term LTER-MC, nel Golfo di Napoli, forniscono un robusto framework per stabilire potenziali applicazioni e limitazioni di questo approccio. Con questo obiettivo, sto attualmente utilizzando ampliconi 18S e 16S, sequenziati con piattaforma Illumina e provenienti da uno studio temporale di tre anni consecutivi. Utilizzando questi dati e diversi strumenti bioinformatici, esploro la diversità delle comunità a vari livelli partendo con la comunità protistica completa per arrivare all’interno di gruppi specifici (Bacillariophyta,  Dinophyta etc.) o generi chiave. Sto anche analizzando ampliconi provenienti dal progetto Europeo BioMarks per valutare la le differenze di biodiversità in termini di diatomee fra i diversi ecosistemi costieri. Il mio interesse generale è l’evoluzione molecolare con particolare enfasi sui processi che guidano la selezione, la diversificazione e la complessità tassonomica, e l’applicazione di metodi rapidi e obiettivi per la caratterizzazione delle specie.

Journal Papers

Schirone B, Caetano-Ferreira R, Vessella F, Schirone A, Piredda R, Simeone MC (2010) Taxus baccata in the Azores: a relict form at risk of imminent extinction. Biodiversity and Conservation, 19, 1547–1565

Piredda R., Simeone M.C., Attimonelli M, Bellarosa R, Schirone B (2010). Prospects of  barcoding the Italian wild dendroflora: oaks reveal severe limits to track species identity. Molecular Ecology Resources, ISSN: 1755-098X, doi: 10.1111/j.1755-0998.2010.02900.x

Ferreira R, Piredda R, Bagnoli F, Bellarosa R, Attimonelli M, et al. (2011) Phylogeography and conservation perspectives of an endangered Macaronesian endemic: Picconia azorica (Tutin) Knobl. (Oleaceae). European Journal of Forest Research 130: 181–195. doi: 10.1007/s10342-010-0420-1

Rubino F, Piredda R, Calabrese FM, Simone D, Lang M, Calabrese C, Petruzzella V, Tommaseo-Ponzetta M, Gasparre G, Attimonelli M. (2011): HmtDB, a genomic resource for mitochondrion-based human variability studies. Nucleic Acid Research. doi:10.1093/nar/gkr1086

Armenise L., Simeone M.C., Piredda R., Schirone B. (2011) Validation of DNA barcoding as an efficient tool of taxon identification and detection of species diversity in Italian Conifers. European Journal Of Forest Research, doi.org/10.1007/s10342-012-0602-0

Petruzzella V, Carrozzo R, Calabrese C, Dell'aglio R, Trentadue R, Piredda R,  Artuso L, Rizza T, Bianchi M, Porcelli AM, Guerriero S, Gasparre G, Attimonelli M. (2012): Deep sequencing unearths Nuclear mitochondrial Sequences under Leber's hereditary optic neuropathy-associated  false heteroplasmic mitochondrial DNA variants. Hum. Mol. Genet., 21(17):3753-64. Epub 2012 May 15. doi: 10.1093/hmg/dds182

T. Kirin, A. Laiou, M.P. Tomasino, R. Piredda, L.S. de Buruaga Aldave, B. Schirone, M.C. Simeone (2013). DNA barcoding as an effective tool to complement wetland management: A case study of a protected area in Italy. Plant Biosystems doi.org/10.1080/11263504.2013.868373

Laiou A, Mandolini LA, Piredda R, Bellarosa R, Simeone MC (2013) DNA barcoding as a complementary tool for conservation and valorisation of forest resources. In: Nagy ZT, Backeljau T, De Meyer M, Jordaens K (Eds) DNA barcoding: a practical tool for fundamental and applied biodiversity research. ZooKeys 365: 197–213. doi:10.3897/zookeys.365.5670

Simeone MC, Piredda R, Papini A, Vessella F, Schirone B (2013) Application of plastid and nuclear markers to DNA barcoding of Euro–Mediterranean oaks (Quercus, Fagaceae): problems, prospects and phylogenetic implications. Botanical Journal of the Linnean Society 172, 478-499

Book chapters
Margherita Berardi, Donato Malerba, Piredda Roberta., Marcella Attimonelli, Gaetano Scioscia and Pietro Leo (2008). Biomedical Literature Mining for Biological Databases Annotation. Data Mining in Medical and Biological Research. Chapter 16 in E.G. Giannopoulou (Ed.), Data Mining in Medical and Biological Research, pp. 267-290, IN-TECH Publisher: Vienna ISBN/ISSN: 978-953-7619-30-5

Tamara Kirin, Maria Paola Tomasino, Marco Cosimo Simeone, Sandro Bogdanovi, Roberta Piredda, Bartolomeo Schirone.(2012) Inula verbascifolia biogeographic inferences on a Mediterranean endemic medicinal plant. 6th Annual International Symposium on Environment, 255-264. 16-19 May 2011, Athens, Greece. In Essays on Environmental Studies, ed. Amit Sarin (ISBN 978-960-9549-75-2)

Questo sito utilizza i cookie. Continuando a navigare il sito accetti i termini e le condizioni previste per l'utilizzo dei cookie. > Leggi di più