La sede principale della Stazione Zoologica Anton Dohrn si trova al centro della Villa Comunale di Napoli, a pochi passi dal mare, nel cuore del Golfo. Attività di ricerca viene effettuata anche in Ischia presso la Villa Dohrn, luogo strategico per gli studi in ecologia bentonica.
Per la salvaguardia e la protezione delle Tartarughe Marine, la Stazione Zoologica ha istituito il "Turtle Point", nell'area di Bagnolifutura (http://www.bagnolifutura.it).
Inoltre, le ricerche della Stazione Zoologica in genetica animale vengono svolte presso Biogem s.c.a.r.l. (Biologia e Genetica Molecolare), società consortile senza fine di lucro con sede ad Ariano Irpino (http://www.biogem.it/), di cui la Stazione Zoologica fa parte.
